Năm 1976 Phòng Y Tế Quận 1 được thành lập trên  cơ sở sát nhập Phòng Y Tế Quận 1 và Quận2(cũ), toàn quận lúc đó có 25 phường, hiện nay sắp xếp lại thành 10 phường (mỗi phường có một trạm y tế).

Ngày 22/11/1993, Trung Tâm Y Tế Quận 1 được thành lập theo quyết định số 1751/QĐ-UB-NC của UBND thành phố Hồ Chí Minh. Trung Tâm Y Tế Quận 1 chịu sự chỉ đạo quản lý về chuyên môn nghiệp vụ của Sở Y tế TP Hồ Chí Minh và chịu sự chỉ đạo quản lý của Uỷ Ban Nhân Dân Quận 1 trong việc xây dựng kế hoạch, tổ chức thực hiện kế hoạch phát triển y tế toàn quận.
 

Thực hiện Thông tư liên tịch số 11/2005/TTLT-BYT-BNV ngày 12/4/2005 của Bộ Y tế và Bộ Nội vụ, Trung tâm Y tế quận huyện ( trong đó có Trung tâm Y tế quận 1 ) tách thành 3 đơn vị : Phòng Y tế ( đơn vị hành chính ), Bệnh viện và Trung tâm Y tế Dự phòng Q1 ( đơn vị sự nghiệp ).

Bệnh Viện Quận 1 được thành lập theo Quyết định số 10/2007/QĐ-UBND ngày 23/01/2007 của UBND thành phố Hồ Chí Minh. Bệnh Viện Quận 1 gồm 2 cơ sở (Cơ sở 1 số 338 Hai Bà Trưng - Phường Tân Định và Cơ sở 2 số 235-237 Trần Hưng Đạo - Phường Cô Giang)